To każdy czynnik mogący wywołać chorobę u człowieka. Mogą mieć różny charakter, więc dzielimy je na patogeny biologiczne (wirusy, grzyby, bakterie), chemiczne (związki toksyczne), fizyczne (temperatura, szkodliwe promieniowanie, urazy). Dziecko jest szczególnie narażone na działanie czynników patogennych ze względu na niedojrzałość czynnościową przewodu pokarmowego.