Jest to nieaktywny enzymwydzielany przez trzustkę. Wraz z sokiem trzustkowym trafia do dwunastnicy gdzie pod wpływem trypsyny – innego enzymu trawiennego wydzielanego również przez trzustkę – przekształca się w chymotrypsynę. Chymotrypsyna rozkłada długie łańcuchy białek na krótsze fragmenty. Wydzielanie enzymu trawiennego w formie nieaktywnej chymotrypsynogenu chroni tkanki trzustki przed samostrawieniem.