Stan, w którym w jelicie cienkim pojawia się zbyt duża liczba bakterii. Bakterie te pochodzą zarówno z jelita cienkiego jak i jelita grubego. W normalnym stanie jelito cienkie zawiera tylko niewielkie ilości bakterii. Przerost bakteryjny może być skutkiem zaburzenia wydzielania soku żołądkowego, powikłaniem po operacji, zaburzeniami perystaltyki jelit. Powoduje nadmierną fermentację, zaburzenia wchłaniania pokarmów (zwłaszcza tłuszczów), zaburzenia wchłaniania witaminy B12. Może objawiać się między innymi: wzdęciami, biegunkami, utratą masy ciała. Leczenie polega na podawaniu antybiotyków o szerokim działaniu i wymaga specjalistycznej diagnostyki lekarskiej.